Diğer adıyla Büyük Ağa Medresesi Sultan II. Bayezid'in Kapı Ağası Hüseyin Ağa tarafından 1488 yılında yaptırılmıştır. Planı klasik Osmanlı medrese formundan farklılık gösterir. Özellikle Selçuklu mezar anıtlarında görülen sekizgen plan şeması ilk kez bu medresede uygulanmıştır. Medrese Amasya’da yüksek derecede eğitim öğretimin yapıldığı yer olmuştur. Altmışlı Medreseler grubundan olan bu medresede, en bilineni Taşköprülüzade Mustafa Müslihiddin Efendi olmak üzere birçok ilim adamı müderrislik yapmıştır. (Fotoğraf: Amasya İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü Arşivi)(Fotoğraf: Amasya İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü Arşivi)(Fotoğraf:Ali ALTIN)(Fotoğraf: Amasya İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü Arşivi)(Fotoğraf: Amasya İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü Arşivi)(Fotoğraf: Amasya İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü Arşivi)(Fotoğraf: Emre BOSTANCIOĞLU)