Amasya İli merkez ilçedeki ormanlar büyük ölçüde Akdağ bölgesinde yayılış göstermekte, yükseklerde sarıçam, karaçam ve kayın, düşük rakımlarda kızılçam, ardıç, meşe, gürgen ve titrek kavak yayılış göstermektedir. Bunun yanında yabani ahlat ve erik gibi ağaççıklar, sürünücü ardıç gibi çalı formları da vardır.

     İl’in ormanlık alan yüzdesinin en fazlası Taşova İlçesi’nde bulunmaktadır. Özellikle Akdağ ve Boğalı dağ silsilelerinin kuzeye bakan yamaçları ile Destek Çayı’nın kuzeyindeki bölgede 1000 m yükseltiden sonra iyi vasıflı kayın ormanları bulunmaktadır. Güneye bakan yamaçlarda ise Yeşilırmak Vadisi’nden başlayıp yukarılara doğru sırasıyla kızılçam, meşe türleri, karaçam ve sarıçam yer yer saf yer yer de karışık ormanlardan oluşmaktadır. Ayrıca gürgen, kayacık, üvez, kızılcık, akçaağaç, geyik dikeni, sandal ve fındık gibi ağaç ve ağaççıklar, böğürtlen, eğrelti, yabani gül, katran ardıcı, laden, ısırgan otu ve orman gülü gibi alt florayı teşkil eden bitki örneklerine rastlanmaktadır.

    Merzifon İlçesi Tavşan Dağı’nda bloklar halinde kayın ormanları ve bu ormanlar içerisinde münferit olarak yabani kiraz, ayı fındığı, akçaağaç, ıhlamur, gürgen gibi yapraklı türler bulunmaktadır. Bunun yanında yükseklerde lokal olarak sarıçam ve karaçam koru ormanları, daha düşük rakımlarda ve güney yamaçlarda ise meşe türlerinin oluşturduğu baltalık ormanları yayılış göstermektedir.

    Yine Gümüşhacıköy İlçesi’nin Vezirköprü istikametindeki dağlık bölgelerinde sarıçam, karaçam, daha aşağılarda meşe türleri yayılış gösterir. Hamamözü’nde ise karaçamla birlikte meşe ormanları, yer yer de ardıç türlerine rastlanmaktadır.

    Göynücek İlçesi Amasya İli’nin güneyinde yer alması ve İç Anadolu Bölgesi’ne geçiş zonunda bulunması nedeniyle step bitki örtüsüne sahip olmakla birlikte bu bölgede bulunan ormanların ağırlığını baltalık olarak işletilen meşe türleri ve kısmen de ardıç ağacı oluşturmaktadır.

    Endemik bitkiler açısından yöre oldukça zengin tür(109) ve çeşitleri (246) içermektedir. Bu türler arasında yöresel adlarıyla hazeran, kuduz otu, akça çiçeği, dolama otu, mürdümük, bac biber ağacı, kaside, geven, yalancı havacıva, tüylü keten sayılabilr.