Sultan II. Bayezid'in Kapı Ağası Hüseyin Ağa tarafından 1488 yılında yaptırılmıştır. Ön Asya ve Selçuklu mezar anıtlarında görülen sekizgen plan şeması fonksiyon itibariyle ilk defa bu medresede tatbik edilmiştir. Her kenarda üçer adet yer alan ve tonozlu revakların gerisinde bulunan kubbeli odaların güney kenarında daha büyük ve yüksek bir kümbet ve örtülü mekâna yarım kubbelerin bağlanması ile meydana gelen "L" planlı bir dershane yapının esasını teşkil eder.

Duvarlarında üç sıra tuğla arasında moloz taş kullanılmış, giriş daha yüksek tutularak silmelerle yumuşatılmıştır. Avluda köşeli sade başlıklar, sütunlar üzerine oturtulmuş dengeli revak kemerleri ve duvar üzerindeki Bursa kemeri uygulaması iç mimariye cazibe kazandırmıştır. Dershane önündeki revak kubbesi iç orijinal mukarnas dolgu ile bezenmiştir.