Amasya ilinin Güney – Batısında bulunan Göynücek, Doğu – Batı ve Kuzey –Güney istikametinde geçen tarihi ticaret yollarının kesiştiği bir coğrafya üzerine kuruldur.
Göynücek ‘ te ilk yerleşmeler mevcut bilgilerimiz hakkında Kalkolitik Çağa ( M.Ö. 5500 – 3000) kadar uzanmaktadır. Bu nedenle denilebilir ki Göynücek ‘in tarihi de gerek Amasya ve gerekse de Anadolu tarihi kadar eskidir.
Göynücek ilçesi sınırları içerisinde en eski yerleşmeler Kalkolitik döneme aittir. Ayvalıpınar höyünü bu dönem yerleşmelere en güzel örnektir. Yine M.Ö. 3000 – 2500 yılları arasına denk gelen Tunç Çağı yerleşmelerine örnek olarak Gediksaray höyününü örnek olarak verebiliriz.
Göynücek Orta Tunç çağında ( M.Ö. 2500 - 2000) Mezopotamya yazılı belgelerinde “ Hatti Ülkesi “ olarak bilinen Hitit uygarlığının sınırları içerisinde kalmıştır. Hititlerin kayıp Şehri “Hakmin “ in Göynücek sınırları içinde olduğu düşünülmektedir.M.Ö. 750 – 585 yılları arasında bölgede sırası ile Firig, Kimmer, iskit, Med – Pers hakimiyeti göze çarpmaktadır. Bu dönem yerleşimlerine en güzel örnek Ilısu Kocaman Tepe höyüktür. Daha sonra bölge Helenistik dönemin izleri göze çarpmaktadır.
M.Ö. 301 de Pers–Pontus hakimiyetine giren bölge M.Ö.47 yılında Göynücek’ in hemen yanı başında bulunan Zile yakınlarında Roma İmparatoru Caesar ( Sevzar ) komutasında yapılan Zela Savaşı ile Roma egemenliğine girmiştir. Bu dönem yerleşimlerine en güzel örnek Gökçeli Kalesi ‘ dir. Roma’ nın ikiye ayrılmasından sonra Bizans yönetimine giren bölge daha sonra 11. Kılıçarslan ‘ ın 1175' de Amasya ‘ yı fethiyle Selçuklu hakimiyetine; 1341 de Eretna Devleti, 1393 yılında da Osmanlı Devleti yönetimine girmiştir.
Takriben 1650 yıllarında yerleşim merkezi olarak şu anki yerinde anılan adla kurulan Göynücek; Osmanlı yerel resmi Tahrir Defterlerinde 1800’ lü yıllarda Varay ( Gediksray ) nahiyesi aracılğıyla Mecidözü ilçesine dolayısıyla Amasya Sancağına başlandığı belirtilmektedir. Bir ara Ilısu nahiyesine başlandıysa da 1922 de ilk kez ilçe vasfını kazanmaktır. 1926 yılında kaybettii bu vasfı nihayet 1954 yılında yeniden kazanarak günümüze ulaşmaktır.